Trái Tim Bé Bỏng xoay quanh cuộc đời của Mai, một cô gái 16 tuổi sống ở vùng biển nghèo. Cô có tình cảm với Đen và cả hai dự định sẽ cưới nhau. Tuy nhiên, do cuộc sống khó khăn, họ phải hoãn lại kế hoạch. Mai quyết định ra thành phố để học may và kiếm sống, nhưng không may cô bị lừa bán và trở thành gái điếm.
Mai có một em trai tên Minh, cậu bé cũng mong muốn ra thành phố để đổi đời. Khi biết mình bị nhiễm HIV, Mai quyết định trở về làng để ngăn Minh không bước vào con đường sai lầm mà cô đã trải qua. Tuy nhiên, Minh đã lên xe theo bà Tư ra thành phố, khiến Mai càng thêm lo lắng và tuyệt vọng.
Sự trở về của Mai là một nỗ lực cuối cùng để cứu em trai và chuộc lỗi với chính mình. Câu chuyện của Mai và Minh hé lộ những góc tối của xã hội, nơi mà những ước mơ đổi đời có thể dẫn đến những bi kịch không lường trước.