Trong thế giới của những bí ẩn và âm mưu, một cuộc đối đầu dai dẳng giữa hai tổ chức đối lập đã tồn tại hàng trăm năm: Hội Hiệp sĩ Thánh chiến và Hội Sát thủ. Hội Hiệp sĩ Thánh chiến, với quyền lực và địa vị cao trong xã hội, đặt mục tiêu tạo ra một thế giới lý tưởng không còn xung đột, bạo lực bằng mọi giá.
Ngược lại, Hội Sát thủ hoạt động với mục tiêu bảo vệ sự cân bằng của thế giới và tự do ý chí của loài người trước những mưu đồ độc tài. Cuộc chiến giữa hai phe không ngừng nghỉ, với Hội Hiệp sĩ Thánh chiến tìm kiếm Quả táo Vườn Địa Đàng – một thánh vật huyền thoại chứa đựng hạt giống bất tuân của loài người.
Callum Lynch, một tử tù đang chờ bị hành quyết, bất ngờ được hồi sinh và đưa đến cơ sở nghiên cứu của Abstergo Industries ở Tây Ban Nha. Abstergo là tổ chức thuộc Hội Hiệp sĩ Thánh chiến thời hiện đại, có nhiệm vụ truy tìm Quả táo Vườn Địa Đàng thông qua việc truy hồi ký ức các sát thủ trong lịch sử từ hậu duệ của họ.
Callum Lynch phát hiện mình là con cháu của Aguilar de Nerha, một sát thủ sinh sống tại Tây Ban Nha vào thế kỷ XV. Thông qua cỗ máy Animus, Callum có thể tái hiện ký ức của tổ tiên được lưu trữ trong mã gien di truyền của bản thân, từ đó khám phá bí mật về dòng dõi sát thủ và cuộc tìm kiếm Quả táo Vườn Địa Đàng.