Đứa Con Của Thời Tiết xoay quanh cuộc sống của Hodaka, một thiếu niên 16 tuổi đến từ vùng đảo xa. Cậu chán nản với cuộc sống nhàm chán ở quê nhà và khao khát tìm kiếm thử thách mới ở thành phố Tokyo. Tuy nhiên, cuộc sống ở đây không như cậu tưởng tượng, Hodaka phải đối mặt với cảnh túng thiếu và cô đơn.
Để trang trải cuộc sống, Hodaka viết bài cho một tờ tạp chí chuyên về tin tức lạ thường. Lúc này, Tokyo đang bị bao phủ bởi mưa dài ngày, khiến cuộc sống trở nên ảm đạm. Trong một con hẻm đông đúc, Hodaka gặp Hina Amano, một cô gái trẻ có khả năng kỳ lạ – làm sáng lên bầu trời qua những lời nguyện cầu.
Cuộc gặp gỡ này như một định mệnh, đánh dấu sự thay đổi trong cuộc sống của Hodaka. Cậu dần được Hina làm cho cuộc sống tươi sáng hơn. Mối quan hệ giữa hai người ngày càng sâu sắc, và câu chuyện của họ dần dần được hé lộ.