Nữ Thần Lớp E là câu chuyện về Jay-jay, cô gái duy nhất trong lớp học nghịch ngợm Section E. Cô hy vọng có một khởi đầu mới ở trường cấp ba nhưng nhanh chóng trở thành mục tiêu của những trò đùa và kế hoạch quấy phá từ các nam sinh ồn ào trong lớp. Họ muốn khiến cô phải bỏ đi.
Được đặt biệt danh là “Mutya” (Nữ thần/Viên ngọc), Jay-jay đáp trả bằng sự thông minh và duyên dáng. Cô lật ngược tình thế, khiến những kẻ bắt nạt phải bẽ mặt. Trong mớ hỗn loạn này, những tình bạn bất ngờ nảy nở. Những hiểu lầm dở khóc dở cười lại dẫn đến những khoảnh khắc rung động trái tim.
Giờ đây, liệu Jay-jay có thể sống sót qua sự điên rồ của Section E? Hay cô sẽ chinh phục được trái tim của tất cả bọn họ? Câu chuyện sẽ unfolds khi Jay-jay điều hướng cuộc sống mới của mình trong lớp học đầy màu sắc và bất ngờ này.